ClonalFrameML

2016年5月2日　更新

ClonalFrameMLとは

バクテリアゲノムの組換えを推定するソフトウェア．ClonalFrameよりも早く、ゲノムでも解析できる．

1. 最新版はgithubにあります．

% git clone https://github.com/xavierdidelot/ClonalFrameML
% cd ClonalFrameML/src
% make

2. 新しくできたClonalFrameMLにパスを通せばどこからでも使えます．

もしくは，ここからMac用の実行ファイルを落としてそのまま使うこともできます．

入力ファイルにはnewickファイルとアラインメントしたfastaファイルが必要．
アラインメントはMAFFTでもなんでも．系統樹はRAxMLやPhyMLなどで別途作ること．
必要に応じてオプションも追加できる．

% ClonalFrameML newick_file seq_file output_prefix [OPTIONS]

アウトプットを図示する．

% Rscript cfml_results.R output_prefix

output_prefix.pdfの出来上がり．

Staphylococcus aureusの実データで解析すると，12時間くらいだとか．