Nanoporeのためのバイオインフォ講座
を目指した備忘録．
Linux ubuntu18
対象：「既存のソフトを使ったことがある」くらいの人
少しずつ充実させていきたいです．
目次
ベースコール
Guppy
デフォルトのベースコーラー
flip-flop
poreOver
Albacore
古いベースコーラー
アダプタートリム
Porechop
リードのエラー修正
canu
アセンブル
canu
Flye
wtdbg2
MaSuRCA
ショートリードとのハイブリッドアセンブラ
polish
racon
Medaka
pilon
scaffolding
RaGOO
リファレンスを使う。
アラインメント
Minimap2
ngmlr
その他
脚注
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は，枠の中の% 以降をターミナルで入力orコピペ．
[~~]はあってもなくてもいい．