Guppy

2020年05月10日　更新

Guppyとは

Oxford Nanopore Sequencer の公式ベースコーラー。電位変化の波形データであるfast5を塩基+クオリティのfastqに変換する。Albacoreの後継。

インストール

1. Nanoporeのコミュニティのページへ。コミュニティは無料の会員登録が必要。
2. Guppyの最新版をダウンロード。Win/Mac/Linuxから適したものを選ぶ。もしGPUが載っていれば早い。
3. 解凍してont-guppy-cpu/binにパスを通す。またはシンボリックリンク。

使い方

-hでヘルプが見られます。
用いたflowcellとkitの情報を使います。対応するものは以下で確認。

guppy_basecaller --print_workflows

CPU用のguppyの使い方。

1dなら
% guppy_basecaller -i INPUT -s OUTPUT --flowcell FLOWCELL --kit KIT
1d^2なら
% guppy_basecaller_1d2 -i INPUT -s OUTPUT --flowcell FLOWCELL --kit KIT

その他使えるオプション
--cpu_threads_per_caller N --num_callers M ベースコールを並列化する。N x Mがスレッド数以下になるように。
--as_cpu_threads_per_scaler N --as_num_scalers M アダプタのスケールを並列化する。N x Mがスレッド数以下になるように。
-r 再帰的にコールする。
--compress_fastq fastqをgzで圧縮。

参考文献

https://nanoporetech.com/nanopore-sequencing-data-analysis
http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/03/12/073000