SAMtools
2016年5月31日 更新
SAMtoolsとは
インストール
1.
ここからhtslibとsamtoolsをDLして解凍する.
2.
% cd htslib-1.x.x
% make
% sudo make [prefix=/PATH] install
% cd samtools-1.x.x
% make
% sudo make [prefix=/PATH] install
githubからのインストールはトラブルが多すぎてできませんでした.
使い方
view
bamファイルをsam形式で見るだけ.
% samtools view BAM | less
参考文献
http://www.htslib.org/