SAMtools

2016年5月31日 更新

SAMtoolsとは

インストール

1. ここからhtslibとsamtoolsをDLして解凍する.
2.
% cd htslib-1.x.x
% make
% sudo make [prefix=/PATH] install
% cd samtools-1.x.x
% make
% sudo make [prefix=/PATH] install
githubからのインストールはトラブルが多すぎてできませんでした.

使い方

view
bamファイルをsam形式で見るだけ.
% samtools view BAM | less

参考文献

http://www.htslib.org/