roary

2016年6月15日　更新

BWAとは

高速スタンドアローンパンゲノム解析パイプライン．ProkkaからのGFF3形式のアノテーションされたアセンブリを使う．

インストール

省略．

使い方

Prokkaの出力ファイル.gffを一つのディレクトリgffにまとめておきます．
gffファイルが一つしかない場合はエラーが出ます．
その他のオプションは
-p N スレッド数
-i N blastpの最小アイデンティティのパーセンテージ
-r Rによるプロットを出力
-s パラログをわけない
-v 詳細に標準出力
-h ヘルプ

以下で結果を図示します
これで，pangenome_frequency.png, pangenome_matrix.png, pangenome_pie.pngが出力されます．

参考文献

https://github.com/microgenomics/tutorials/blob/master/pangenome.md
https://sanger-pathogens.github.io/Roary/