trinity

2016年9月16日　更新

trinityとは

RNA-seqのde novoアセンブリ．Linuxにしか対応していないものをMacで使う．de novoアセンブリなんてかなりメモリを使うので，可能なら計算専用コンピューターで計算したほうが良い．

1. ここから最新版をDL．ダブルクリックなどで解凍．
2. homebrewでgccを取得．

% brew install gcc

3. 今導入したg++-5を使ってmakeする．解答したtrinityのディレクトリに移動して

% make CXX=g++-5 CPLUSPLUS=g++-5 CC=gcc-5

すべてのパッケージで~~~ has been Installed Properlyとなっていれば成功．

sample_data/test_Trinity_Assembly/runMe.shなどが参考になります．