Prokka

2016年8月19日　更新

Prokkaとは

細菌，古細菌，ウィルスゲノムにアノテーションをつけるソフトウェア．

1. まずは下準備にperlのパッケージをDLします．色々聞かれますが，基本的にリターンを押してデフォルトで設定します．

% sudo cpan Time::Piece XML::Simple Bio::Perl Digest::MD5

2. Homebrewをインストールします．

% brew tap homebrew/science
% brew tap Caskroom/cask
% brew update
% brew cask install java
% brew install prokka

他にもgithubなどからDLしたりできますが，依存ソフトウェアが多いため，MacならHomebrewが手軽でオススメ．

fastaファイルを指定するだけで最低限は使えます．

% prokka assembled_contigs.fasta

出力ファイルは.gffだけでなく，Genbank登録用の.gbkや.sqn，様々なfastaファイルなどが出力されます．

ファイル名と出力先を指定して，古細菌のアノテーションをつける．

% prokka assembled_contigs.fasta --kingdom Archaea --outdir out/dir/ --prefix hoge

--kingdomはArchaea|Bacteria|Mitochondria|Virusesが選べます．デフォルトはBacteria．