ms

2014年1月2日　更新

msとは

様々な中立モデル下でのサンプルを生成するプログラム．

インストール

1. ここのLINKからms.tar.gzをダウンロード．
2. ダブルクリックなどで解凍．
3. ダウンロードしたディレクトリに移動して で終了．好きなところに移動させて，パスを通したりchmodでどこからでも使えるようにしてもよい．
ただし，このままだと乱数生成にdrand48()を用いる．
問題なく動くし，計算に差し障るほどの差かはわからないが，メルセンヌツイスターなどを使うようにした方がいいのかもしれない．

使い方

基本的には，msdirの中のmsdoc.pdfに丁寧に書いてある．
最もベーシックな使い方は
サンプル数6,繰り返し2,θ(4N₀μ)=5.0でシミュレーションします．
出力の見方は 一行目は入力したコマンド，二行目はランダムシードです．//以降が一回分のシミュレーションになります．
segsitesはsegregating siteの数，positionsは全長を(0,1)としたときの，それぞれの変異の相対的な位置です．
その下の0,1がシミュレーション結果の一覧です．初期値が全部0だとした時の多型パターンです．
各行がそれぞれのサンプルで，変異のある箇所のみ表示しています．

参考文献

http://home.uchicago.edu/rhudson1/source/mksamples.html
msdoc.pdf