Jellyfish

2016年5月2日　更新

Jellyfishとは

k-merを高速かつ並列に数える．k-merとは，k bpの長さの塩基のこと．mono-mer, di-mer, poly-mer, k-mer．fastaもfastqも可．

インストール

1. ここから最新版をDL．
2. ダブルクリック等で解答．
3. 以下、よくある手順。 g++が古いと動かないので、その場合はupgrade。
4. bin/jellyfishができていればインストール完了．パスを通せばどこからでも使えます．

使い方

以下のコマンドがある．

count	kmerを数える．
bc	2回以上見られるk-merだけを残す．アウトプットをcount -bc へ．
info	.jfファイルの作成時の情報を出力．
stats	.jfファイルの簡単な統計情報を出力．
histo	k-mer頻度のヒストグラムで出力．
dump	全k-merの情報を出力．
merge
query	指定した塩基のk-merを出力．
cite	jellyfish論文の引用文を表示．-bでBibtexフォーマット．なんて便利なんだ！（マニュアルの直訳）
mem	メモリー使用情報の出力．
jf	クラゲを出力．

コマンド入力後に-hでそれぞれのヘルプ．

reads.fastaから10スレッドと初期サイズ100Mのハッシュを使って21merを（相補鎖も併せて）数えて，output.jfへ出力．

参考文献

Jerryfish2の公式ページ