isPcr

2017年9月25日　更新

isPcrとは

isPcr; in silico PCR．ゲノムとプライマーの配列から，PCRで増幅される領域を推定するツールです．

インストール

1　ここから適した実行ファイルをDL．Macの場合，普通はmacIntelの中のisPcr.zip
かなりメモリを使うようなのでlinuxサーバー推奨だが，最近のMacならそれほどでもないかも．
2　解凍
ダブルクリックで解凍．または， パスを通す，またはパスの通っているディレクトリに移せばどこからでも使えます．

使い方

databaseは，fasta, nib, towBitの形式か，それらをリストにしたテキストが使えます．
query.txtは，名前，forward primer，reverse primerの3つが一行になったタブ区切りテキストが使えます．プライマーの数はいくつでもOK．
outputは，出力ファイルの名前です．出力ファイルはデフォルトではプライマーがヘッダーとなったfasta形式です．
-out=bedでbed形式．タブ区切りでchrom/start/end/name/score/strandと並びます．
-out=pslでblatでも使うpsl形式です．

参考文献

http://hgwdev.cse.ucsc.edu/~kent/