HyPhy

2013年3月6日 更新

HyPhyとは

HyPhy; Hypothesis testing using Phylogeniesの略.

インストール

1. HyPhyのメインページのDownloadsからDownload pageへ.
Linux, Unix or OS X command line.SourceからGitHubへ移動,そこからDL.
GUIで使いたい場合はMac OS XかWindows XP or laterで.その場合詳細な使い方はわかりません.
2. cmakeが別途必要.homebrew経由でDL.
3. 他にも色々必要なものをDL.
4. Sourseの中身へ移動.そこで
% cmake .
% make MP2
% make install
 MP2がstandard versionらしいが,他のものでも可.

使い方

% ./HYPHYMP input_file > output_file

定数

 定数(Constant)についての覚書
LIKELIHOOD_FUNCTION_OUTPUT=0,1,2,3,4,5
fprintfで出力される尤度関数を制御.
0 - 尤度関数の値を出力.
1 - パラメータ値リストにある尤度関数の値を出力.
2 - 枝の長さのみをもつ木の尤度関数の値を出力.(default)
3 - パラメータと制限のリストを出力.
4 - HyPhyバッチ言語ステートメントの制限と値をもつパラメータリストを出力.
5 - 4にすべての木の値も含んで出力.
MAXIMUM_ITERATIONS_PER_VARIABLE
もしMAXIMUM_ITERATIONS_PER_VARIABLE*独立変数の数の尤度関数評価で最適な精度へ到達しなかったら,それまでのベストの値を返す.
デフォルトは100.

バッチ言語コマンド

バッチ言語コマンド(Batch language command)についての覚書
SetParameter(object, parameter_index, new_value);
objectに合わせて実行する関数.
・object: 尤度関数
・parameter_index: new_valueに割り当てられた枝のインデックス
・new_value: 割り当てられた数値

・object: データセット
・parameter_index: 名称変更された配列.配列の有効な識別子の値が必要.
・new_value: 配列の新たな名前.
DataSet datasetid = ReadDataFile("filename");
ファイルを読み込んでdatasetidに返す.以下の3つの変数が作られる.
datasetid.species データセットの種数
datasetid.sites データセットのサイト数(列数)
datasetid.unique_sites データセットのユニークサイト数
DataSetFilter dataSetFilterid = CreateFilter (datasetid,unit,vertical partition, horizontal partition, alphabet exclusions);
解析用に改変する.datasetidはフィルターするデータの識別子.unitは基本単位のサイズ.コドンなら3.Vertical partitionは解析に使うサイトを指定する.空なら全て使う.以下の4つの変数が作られる.
dataSetFilterid.species データセットの種数
dataSetFilterid.sites データセットのサイト数(列数)
dataSetFilterid.unique_sites データセットのユニークサイト数
dataSetFilterid.site_freqs セルiのタイプiのサイトをカウント.ユニークサイト数次元のベクター
HarvestFrequencies (receptacle,dataid,atom,unit,position_dependent_flag);
データセットのキャラクタの頻度を返す.receptacleは結果の頻度表を入れるマトリクスの識別子.dataidはデータセットかデータセットフィルター.atomは配列長の最小単位.unitは数える各アトムのブロックのサイズ.最終的なアウトプットはユニットの頻度を数える.position_dependent_flagはアトム内の位置の割合を数えるかどうか.1なら

参考文献

http://hyphy.org/w/index.php/Main_Page