Blat

2012年12月18日　更新

Blatとは

Blat; Blast Like Alignment Toolの略．Blastよりも高速な相同性検索ツールです．

1.libpngをインストール．

1.1　ここからlibpngの最新版をダウンロード．
1.2　解凍
解凍にはThe Unarchiverがオススメ。 1.3　解凍したディレクトリで

% ./configure [--prefix=/path]
% make check
% sudo make install

　　注意：ディレクトリ/usr/local/binが必要．

% sudo mkdir /usr/local
% sudo mkdir /usr/local/bin

　　で先にディレクトリ作成(パスワードの入力が必要)．すでに作成してある場合は飛ばして良い．実行してもエラーがでるだけ．

1.1b　ただし，それならhomebrewのほうが楽かも．
　　homebrewなら

% brew install homebrew/versions/libpng12

2.　Jim KentのウェブサイトからBlatSrc*.zipの最新版をダウンロード．(2012年11月現在でBlatSrc35)
3.　解凍する．
4.

% MACHTYPE=something
% export MACHTYPE
% mkdir $HOME/bin
% mkdir $HOME/bin/$MACHTYPE
% export PATH=$PATH:$HOME/bin/$MACHTYPE

5.　ディレクトリBlatSrc*で

% make

6.　~/bin/somethingにあるblatが完成品．

blatのあるディレクトリで以下を実行．
塩基配列なら

% ./blat referense.fasta Query.fasta output.out

タンパク質なら

% ./blat referense.fasta Query.fasta -prot output.out

データベースやクエリのタイプを指定するなら

% ./blat -t=dna -q=rna referense.fasta Query.fasta output.out

など．
pslのヘッダーを省略するには

% ./blat -noHead referense.fasta Query.fasta output.out

異なる出力形式なら

% ./blat -out=blast referense.fasta Query.fasta output.out

blastの他には，psl(デフォルト), pslx, axt, maf, sim4, wublast, blast8, blast9．
その他の詳細な使い方は

% ./blat