RAxML

2013年12月6日 更新

RAxMLとは

RAxML; Randomized Axelerated Maximum Likelihoodの略.最尤法で系統樹探索を行う高速なプログラム.
Linux

インストール


homebrewでも落とせます.

1.ここの右下のDownload ZIPをクリックしでダウンロード.2013年12月時点でversion 7.9.5.
2.それを解凍,解答したファイルにcdで移動.
3.コンパイル.SSE3なら
% make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc
% rm *.o
AVXなら
% make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc
% rm *.o
それ以外なら
% make -f Makefile.PTHREADS.gcc
% rm *.o
これで出来上がったraxmlHPC-PTHREADS-SSE3を好きなところに移動したら,残ったものは全部消して大丈夫.
4.ついでに,どこからでもraxmlで使えるようにしておく.
% ln -s raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 raxml
% chmod a+w raxml
で,raxmlのあるディレクトリにパスを通すか,パスの通っているところに移動させる.

使い方

必須のオプションでただ動かすだけ
raxml -s input_seq.phy -p 12345 -m GTRCAT -n output_name
以下,その他のオプションについて.
-T n スレッド数nで計算.
後日追加します.

参考文献

井上潤さんのページ
http://todayd308.blogspot.jp/2011/04/raxml.html