RAxML
2013年12月6日 更新
RAxMLとは
RAxML; Randomized Axelerated Maximum Likelihoodの略.最尤法で系統樹探索を行う高速なプログラム.
Linux
インストール
- よほど古くなければ(3,4年以上古くなければ),40%以上SSE3が早くて良いそうです.
- 十分新しければ(intel i7なら),AVXがさらに10~30%早いそうです.
- 並列処理の仕方によって,Sequential(並列処理しない), Pthreads, Coarse-grain MPIと3つのversionがありますが,Macで手軽に複数CPUを使うことができるのはPthreadsのようなので,ここではこれのみの使い方を示します.詳しくはここを参照.
homebrewでも落とせます.
1.
ここの右下のDownload ZIPをクリックしでダウンロード.2013年12月時点でversion 7.9.5.
2.それを解凍,解答したファイルにcdで移動.
3.コンパイル.SSE3なら
% make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc
% rm *.o
AVXなら
% make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc
% rm *.o
それ以外なら
% make -f Makefile.PTHREADS.gcc
% rm *.o
これで出来上がったraxmlHPC-PTHREADS-SSE3を好きなところに移動したら,残ったものは全部消して大丈夫.
4.ついでに,どこからでもraxmlで使えるようにしておく.
% ln -s raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 raxml
% chmod a+w raxml
で,raxmlのあるディレクトリにパスを通すか,パスの通っているところに移動させる.
使い方
必須のオプションでただ動かすだけ
raxml -s input_seq.phy -p 12345 -m GTRCAT -n output_name
以下,その他のオプションについて.
-T n スレッド数nで計算.
後日追加します.
参考文献
井上潤さんのページ
http://todayd308.blogspot.jp/2011/04/raxml.html