PAML

2015年6月12日　更新

PAMLとは

Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihoodの略．最尤法でDNAやアミノ酸配列の系統解析をするプログラム．baseml, codeml, evolver, basemlg, mcmctree, pamp, yn00, chi2というプログラムが実装されている．
色々できるが，配列アラインメント，遺伝子領域の予測，大量データからの系統樹の推定には向いてないとのこと．

インストール

1.　ここから，Mac用のPAMLをダウンロード．
2.　ダブルクリックなどで解凍．
3.　解答したディレクトリの中にcdで移動し，
　　とマニュアルには書いてありますが，詳しい人はcd src と make -f Makefileだけでも十分なはずです．
　　このディレクトリにパスを通せば，どこからでも使えるようになります．

使い方

基本的な使い方は，コントロールファイル.ctlに必要な設定を記入し，実行します．なんか不思議な使い方です．
各プログラムの使い方はマニュアルを見てください．ここでは目的ごとに分けて紹介します．

同義・非同義置換率を求める

ちなみに，yn00を用いるとYang and Nielsen(2000)の方法で同義・非同義置換率を計算しますが，ML法を使ってcodemlを使うことがオススメされています．

参考文献